Det sker en ständig utveckling av behandlingsmetoder och omhändertagande av personer som drabbas av klaffsjukdomar. Idag opereras barn med svåra hjärtfel och de uppnår allt oftare vuxen ålder. Äldre personer som tidigare inte ansågs kunna opereras på grund av sin ålder och för att det kan finnas andra sjukdomar med i bilden, kan idag erbjudas skonsammare alternativ vid operation med goda resultat. Läkemedel som minskar risken för blodpropp som stroke i samband med klaffsjukdom är ett mycket värdefullt komplement. Generellt sett uppdelas behandlingen i medicinsk och kirurgisk behandling.
Den medicinska behandligen inriktar sig på att hjälpa och understödja hjärtat i dess arbete, samt att minska risken för blodproppar. Oftast väljs en kombination av läkemedel som huvudsakligen påverkar hjärtats pumpkraft och rytm. Vätskedrivande läkemedel används även för att påverka blodmängden. Valet av blodförtunnande behandling styrs av en mängd faktorer, där den totala risken för varje person tas med i bedömningen. Vid behandling med blodförtunnande läkemedel får man ta ställning till vilket klaffel som åtgärdats och vilken kirurgisk eller annan behandling som gjorts. Beroende på detta väljs en kombination av ett eller flera läkemedel som påverkar blodets koagulationsförmåga. Behandlingstidernas längd för dessa olika läkemedel varierar också utifrån ovanstående. Därför kan man inte ge generella riktlinjer kring detta.
Den kirurgiska behandlingen innebär att den sjuka hjärtklaffen byts ut eller i vissa fall lagas. Om det finns behov kan även andra sjukdomar i hjärtat åtgärdas som förträngningar i kranskärlen eller förmaksflimmer. När man ska byta klaffar väljs antingen mekaniska eller biologiska klaffproteser. Det som avgör vilken sorts klaffar som väljs är ålder och om det finns annan samtidig sjukdom som kräver blodförtunnande behandling. Mekaniska klaffproteser kräver livslång behandling med blodförtunnande läkemedel. Det rekommenderas framför allt för yngre patienter och till patienter som av annan anledning ändå använder dessa läkemedel, vanligtvis på grund av förmaksflimmer. Ännu har inget annat läkemedel än warfarin godkänts för denna indikation i Sverige, men forskning och studier pågår.
De biologiska klaffproteserna blir idag allt bättre och har en längre livslängd än tidigare. Dessutom har de den stora fördelen att man inte behöver behandlas med warfarin utan det räcker med acetylsalicylsyra. I de fall som warfarin krävs, behövs behandlingen vanligen bara under en kortare period, som under ett par månader. Om det görs ett dubbelingrepp som till exempel byte av hjärtklaff samt kranskärlskirurgi och/eller kirurgi på grund av rytmstörning, så kallad MAZE operation kombineras olika blodförtunnande läkemedel, för att skydda personen från de komplikationer som varje enskild komponent kan ge upphov till.
Om det finns ett läckage i mitralisklaffen väljer man ibland att försöka täta klaffen med hjälp av en ring i öppningen och en samtidig operation av klaffen. Detta görs nu även vid läckage i aortaklaffen (aortainsufficiens). Fördelarna med dessa tekniker liknar de fördelar som ses vid biologiska klaffproteser. Dessutom finns ett värde i att behålla den ursprungliga klaffen då bland annat risken för att infektioner uppstår i klaffen minskar. För äldre och sjuka personer med aortastenos finns idag andra metoder som bygger på kateterburen teknik. Istället för sedvanlig operation via öppen bröstkorg kan klaffen nås via blodbanan och då ofta via ett kärl i ljumsken.