Förmaksflimmer ökar risken för att det bildas blodproppar i hjärtat. Dessa blodproppar kan följa med blodströmmen och orsaka stopp av blodflöde i olika organ, främst hjärnan och kan då leda till stroke. Men blodpropparna kan även fastna på andra ställen och orsaka exempelvis stopp i blodflöde till tarm, njure eller ben. Risken att drabbas av stroke, oberoende av andra riskfaktorer, är 5-6 gånger högre om man har förmaksflimmer jämfört med om man inte har det. Risken för blodproppsbildning vid förmaksflimmer ökar med antalet kända riskfaktorer såsom: rökning, hjärtsvikt, högt blodtryck, ålder och diabetes.
Om man tidigare haft stroke är risken särskilt stor. På senare år har även riskfaktorer såsom att vara kvinna och åderförkalkning i benen fått en tyngd i uppskattningen av risk.